分子生物软件 virSEAK

报告导入NGS

virSEAK（RUO - 仅供研究使用）提供快速和方便的SARS-CoV-2序列与现有序列的比较。在对你的试剂盒进行个性化设置后，只需加载fastq或fasta数据，就可以得到一个与变异体对齐的序列。 此外，你的序列将被分配到一个穿山甲系（如B.1.1.7）和一个GISAID支系（如L）。 virSEAK也会自动检查你的序列是否含有穗状蛋白变体N501Y和或E484K。 覆盖率和质量值显示，包括：要求的、绝对的、平均的和中位的覆盖率，"野生型 "和 "N "碱基的百分比。质量指标显示质量是否满足定义的质量阈值。 此外，该工具还为高通量NGS测序进行了优化，具有自动导入和导出功能以及可定制的序列转移。轻松地创建多fasta文件，以改进向中央报告办公室的报告，用于监测流行病学情况和突变的传播（例如对德国的Robert Koch研究所）。 virSEAK - 可安装版本： 轻松导入原始fastq或预处理的fasta测序文件 高通量NGS测序，自动批量导入和导出 如果包含N501Y和/或E484K的突变，自动发出警报 获得对穿山甲血统和GISAID支系的分配 检查其他变异的频率 比较发现的亚型、数量和位置，... 输出序列和变异体（带元信息，以fasta和/或csv格式）。 储存结果 完全自动化的高通量测序，可定制的序列转移