临床软件 ProteoScape™

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Bruker ProteoScapeTM ( BPS ) 是一款基于 GPU 的数据库检索平台，为 bottom-up 策略的蛋白质组学提供了并行算力和实时搜库功能。 缩短时长 省略采集结束后耗时的搜库环节，同时获得不失真的搜库结果。 节省机时 Bruker ProteoScapeTM 实时监控仪器状态，可保证珍贵的机时不被浪费。 保护样本 Bruker ProteoScapeTM 智能搜索平台可避免单细胞、临床、细胞培养稳定同位素标记 ( SILAC ) 和富集等稀有样本的不必要浪费。 降低成本 仪器运行、相关耗材和样本制备都会产生高额成本，Bruker ProteoScapeTM 及其运行即结束 ( Run & Down ) 的功能在确保有效数据的情况下实现成本的节约。 拥有实时搜库和智能采集平台的 4D-蛋白质组学技术 Bruker ProteoScapeTM 整合的实时搜库和智能采集功能打破了数据分析的瓶颈 通用性 Bruker ProteoScapeTM 支持所有timsTOF Pro 2、HT、fleX 和 SCP 平台的数据。 4D-蛋白质组学 尽管 CCS 维度信息的加入使得数据量增大，但 Bruker ProteoScapeTM 的实时搜库功能能够应对大数据带来的挑战，即使包括像磷酸化在内的多种翻译后修饰同时检索，实时搜库功能也能轻松应对 GPU 支持的海量数据并行计算 Bruker ProteoScapeTM 基于 GPU 计算，可提供数以千计的 CUDA 核心并行处理数据。 Bruker ProteoScapeTM 数据查看 从高水平实验信息到目标特定碎片离子谱图，Bruker ProteoScapeTM 实现在集成视图中查看数据的全部细节信息。 智能化 Bruker ProteoScapeTM 可以智能化决定样本队列分析进程，每个样本采集结束时，通过将实验结果与预设的蛋白质或肽段鉴定数量标准对比，来决定样品队列继续与否。该功能可核验方法的适用性、节省稀有样本、昂贵耗材和机时。 节省时间和成本 安心上机稀有样本 高效利用珍贵机时 避免浪费高成本样本 无需再耗时等待 QC 结果来确定系统适用性 方法开发过程中无需等待搜库结果 TIMScoreTM 引入 CCS 维度来为 4D-蛋白质组学提供更高的 PSM ( peptide-spectrum Match )、肽段和蛋白质鉴定数量。 Bruker ProteoScapeTM 搜索引擎将 CCS 测量值与预测值进行比较，并计算出每张谱图对应的前五个候选肽段的 TIMScore 值。 TIMScore 的优势体现在肽段验证和 FDR ( False Discovery Rate ) 评估中，在不支持 CCS 值的算法中，目标肽段和候选肽段基于 1% 误差进行的判定 ( Panel A )。而支持 CCS 值的 TIMScore 算法中，候选肽段可在三个维度上矢量化，从而能够通过可显著区分的等值平面来进行 1% 误差卡控 ( Panel B )。 使用等值平面判定可提高准确性和精确度，有助于验证以前在传统二维数据中评分不佳的 PSM。 为进一步推进免疫肽组学、宏蛋白组学及其他更多基于从头测序模式的应用，我们与 Rapid Novor Inc. 联合开发了 BPS Novor。这在充分发挥实时搜库功能的基础上为 timsTOF 数据获取快速精准的从头测序分析结果提供了解决方案。 BPS Novor 通过训练和优化 timsTOF 采集的 1,780,000 多张谱图，包括各种各样非酶切谱图，从而构建了一个广义打分模型。这个模型每秒能处理超过 1000 张谱图，时期能够分析 timsTOF 产生的实时从头测序数据。BPS Novor 在各种各样数据类型上能够持续保持并优于 Novor 软件标准。 BPS Novor 在酶切特异性或物种上没有明显的偏好性，且比速度上比其他软件快 20 倍。