测序软件 EPI2ME

数据分析实时

产品概述
Oxford Nanopore 提供用于纳米孔测序数据分析的软件和工具，结合 EPI2ME 预配置工作流与 MinKNOW 运行环境。该方案支持实时分析，并可部署于笔记本、工作站、计算集群、云环境和 Oxford Nanopore 设备，满足科研与临床实验室的需求。

EPI2ME 预配置分析工作流

• 可通过直观的桌面应用或命令行界面访问
• 为多种测序应用提供预配置工作流
• 可在笔记本、集群、云或 ONT 设备上部署与运行分析
• 实时工作流可在测序过程中获得结果
• 可通过 EPI2ME 应用构建并共享自定义工作流

面向科研人员

• 为常规数据检查设计的用户导向界面
• 结构化报告便于快速结果解读
• 许多工作流无需专业生物信息学背景即可使用
• 从样本到结果保持数据所有权

面向生物信息学人员

• 可通过 Oxford Nanopore 的 GitHub 仓库获取 basecaller 和分析工具
• 可在 GitHub 获取 EPI2ME 工作流定义或集成自有代码
• 命令行支持便于实现高级或自动化集成

MinKNOW

• Oxford Nanopore 设备的操作软件
• 负责原始数据采集与 basecalling
• 在适用时包含集成的甲基化检测
• 支持通过 adaptive sampling 实现 in silico 定向测序
• 提供 API，用于连接上游和下游工具

数据集与兼容解决方案

• 提供开放数据集以支持方法开发与基准测试
• Oxford Nanopore 与第三方解析合作伙伴协作，提供端到端的解释解决方案
• 提供在线培训与大师课程以帮助用户上手

技术规格

• EPI2ME：预配置实时工作流；桌面应用与命令行接口
• 部署：支持笔记本、工作站、集群、云与 ONT 设备
• 实时分析：在测序期间访问中间和最终结果
• 自定义：通过 EPI2ME 构建、导出并共享自定义工作流
• MinKNOW：数据采集、basecalling、甲基化检测、adaptive sampling、用于集成的 MinKNOW API
• 工具与 basecaller：由 Oxford Nanopore 仓库维护并供高级用户使用
• 目标用户：实验室科研人员（许多工作流无需生物信息学专长）和生物信息学人员（支持命令行与集成）